Depuis toujours le lieu de Fontcaude était imprégné du sacré lié à la présence des sources, et la Vierge Marie y succéda sans doute à la déesse des eaux.

A partir du 14 septembre 1154, un groupe de chanoines vint s’établir après avoir quitté leur prieuré de Valcrose, près de l’abbaye d’Aniane, pour trouver la paix en s’éloignant des exigences autoritaires de son abbé. La communauté s’installe d’abord sur la rive droite du ruisseau de Fontcaude alors partie du diocèse de Béziers, alors que la rive gauche relève du diocèse de Narbonne.

A partir de 1165, une dissension interne menace la stabilité du prieuré, tandis que des chanoines appartenant à l’ordre nouveau Prémontré, et venant de l’abbaye de Combelongue (Commune de Rimont, Ariège) sont appelés par certains à venir les rejoindre. Bientôt, deux communautés en viennent à rivaliser de part et d’autre du ruisseau. Le différend porte sur le mode de vie canonial et sur sa plus ou moins grande austérité.

En 1179, un accord est passé entre le Prieur de Valcrose et l’abbé de Combelongue. L’année suivante, en 1180, le pape Alexandre III approuve cet accord et toute la communauté est regroupée sous les statuts de l’ordre Prémontré. Fontcaude est érigée en abbaye. Les chanoines vont dès lors demeurer sur l’autre rive du ruisseau, sur le territoire du diocèse de Narbonne.

Le premier abbé fut Bernard de Fontcaude. Celui-ci se distingue par son combat doctrinal contre le valdéisme dès les années 1184-1185. Il est resté célèbre notamment par son fameux traité Contre les Vaudois et les Ariens qui fera plus tard encore l’admiration de Bossuet.

C’est lui qui entreprend la construction des bâtiments et de l’église abbatiale.

Le patrimoine de l’abbaye (granges, terres, domaines, maisons, moulins…) se constitue très rapidement par donations, legs ou achats dès la première moitié du XIIIème siècle.

En 1204, les chanoines de Fontcaude fondent l’abbaye N.D. d’Huveaune près de Marseille.

En 1318, à la suite de la crise cathare et de la croisade, le diocèse de Narbonne est démembré, et Fontcaude est rattachée au nouveau diocèse de Saint-Pons.

Au cours du XIVème siècle se développe la pratique de la commende, et les abbés de Fontcaude seront désormais nommés par le Pape ou plus tard par le Roi, ce qui va de pair avec le déclin de la vie religieuse. L’insécurité engendrée par la Guerre de Cent Ans conduit au dépeuplement de l’abbaye.

La période des Guerres de Religion verra le malheur s’abattre sur l’abbaye. De nombreux biens doivent être aliénés pour aider le Roi de France (1563-1570) et, pire encore, en 1577, des bandes pillardes conduites par le “capitaine” Bacon, issu du village voisin de Pierrerue, ravagent l’abbaye au nom du protestantisme. La vie religieuse ne reprendra que très timidement quelque temps plus tard.

Tout au long des XVIIème et XVIIIème siècles, la communauté, réduite à six chanoines, vivote dans ses bâtiments en partie ruinés. L’abbatiat d’Etienne Salvan d’Hauterive (1732-1769), après un début prometteur, confirme l’inévitable dégradation de la vie conventuelle. L’abbé est déposé en 1756 et l’abbaye est mise en “économat”, c’est à dire en liquidation judiciaire.

En 1782, la situation financière est enfin expurgée, et Louis XVI, peut nommer un abbé, le dernier, Aimé des Moulins de l’Isle (1784-1791).

A partir de 1791, l’abbaye est aliénée comme “Bien National” et vendue aux enchères publiques. L’ensemble se démembra au cours du XIXème siècle et était partagé entre neuf propriétaires lorsqu’en 1969, l’association des Amis de Fontcaude entreprit de reconstituer l’espace canonial et de restaurer les bâtiments.